Ballesteros tiene sus orígenes en un asentamiento fundado en el siglo XVIII por el militar español José de Ballesteros sobre las márgenes del río Ctalamochita en un territorio habitado por los pueblos Pampas o Het y posteriormente ocupado ocasionalmente por Ranqueles. A partir del siglo XIX fue uno de los fortines que jalonaban el Camino Real entre Buenos Aires y Córdoba. Entre fines del siglo XIX y comienzos del siglo XX, la llegada de inmigrantes europeos (fundamentalmente italianos) modificó la demografía de la zona y produjo un fuerte desarrollo de las actividades agrícolas y ganaderas. En 1866 el paso del ferrocarril a unos seis kilómetros al norte dio lugar al surgimiento de la localidad de Ballesteros, también llamada Ballesteros Norte o Ballesteros Nuevo, lo que produjo un relativo aislamiento de Ballesteros Sud. A fines de la década de 1970 se pavimentó el camino de tierra que unía a las dos localidades promoviendo una comunicación más fluida y conectando Ballesteros Sud con la ruta nacional 9 y la actual autopista Córdoba-Rosario.

Entre las personas famosas oriundas de esta localidad se cuenta el cantautor de tango Rubén Juárez, el futbolista Javier Arbarello y el médico cirujano autor del primer autotrasplante cardíaco con éxito en el mundo Oscar Bauk.